Skip to content
- 2022
- C. Gur†, S.-Y. Wang†*, F. Sheban, M. Zada, B. Li, F. Kharouf, H. Peleg, S. Aamar, A. Yalin, D. Kirschenbaum, Y. Braun-Moscovici, D. A. Jaitin, T. meir-salame, E. Hagai, B. K. Kragesteen, B. Avni, S. Grisariu, C. Bornstein, S. Shlomi-Loubaton, E. David, R. Shreberk-Hassidim, V. Molho-Pessach, D. Amar, T. Tzur, R. Kuint, M. Gross, O. Barboy, A. Moshe, L. Fellus-Alyagor, D. Hirsch, Y. Addadi, S. Erenfeld, M. Biton, T. Tzemach, A. Elazary, Y. Naparstek, R. Tzemach, A. Weiner, A. Giladi, A. Balbir-Gurman, I. Amit*, LGR5 expressing skin fibroblasts define a major cellular hub perturbed in scleroderma. Cell (2022).
- Y. Feng†, L. Cai†, W. Hong†, C. Zhang, N. Tan, M. Wang, C. Wang, F. Liu, X. Wang, J. Ma, C. Gao, M. Kumar, Y. Mo, Q. Geng, C. Luo, Y. Lin, H. Chen, S.-Y. Wang, M. J. Watson, A. G. Jegga, R. A. Pedersen, J. Fu, Z. V. Wang, G.-C. Fan, S. Sadayappan, Y. Wang, S. Pauklin, F. Huang, W. Huang, L. Jiang*, Rewiring of 3D Chromatin Topology Orchestrates Transcriptional Reprogramming and the Development of Human Dilated Cardiomyopathy. Circulation (2022).
- 2021
- A. P. McFarland†, A. Yalin†, S.-Y. Wang†, V. S. Cortez†, T. Landsberger, R. Sudan, V. Peng, H. L. Miller, B. Ricci, E. David, R. Faccio, I. Amit*, M. Colonna*, Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation. Immunity (2021).
- Y. C. Cohen†, M. Zada†, S.-Y. Wang†, C. Bornstein, E. David, A. Moshe, B. Li, S. Shlomi-Loubaton, M. E. Gatt, C. Gur, N. Lavi, C. Ganzel, E. Luttwak, E. Chubar, O. Rouvio, I. Vaxman, O. Pasvolsky, M. Ballan, T. Tadmor, A. Nemets, O. Jarchowcky-Dolberg, O. Shvetz, M. Laiba, O. Shpilberg, N. Dally, I. Avivi, A. Weiner*, I. Amit*, Identification of resistance pathways and therapeutic targets in relapsed multiple myeloma patients through single-cell sequencing. Nature Medicine (2021).
- 2020
- Y. Katzenelenbogen†, F. Sheban†, A. Yalin†, I. Yofe, D. Svetlichnyy, D. A. Jaitin, C. Bornstein, A. Moshe, H. Keren-Shaul, M. Cohen, S.-Y. Wang, B. Li, E. David, T.-M. Salame, A. Weiner*, I. Amit*, Coupled scRNA-Seq and Intracellular Protein Activity Reveal an Immunosuppressive Role of TREM2 in Cancer. Cell (2020).
- 2019
- Y. Atlasi†, W. Megchelenbrink†, T. Peng, E. Habibi, O. Joshi, S.-Y. Wang, C. Wang, C. Logie, I. Poser, H. Marks, H. G. Stunnenberg*, Epigenetic modulation of a hardwired 3D chromatin landscape in two naive states of pluripotency. Nature Cell Biology (2019).
- 2018
- G. Ledergor†, A. Weiner†, M. Zada, S.-Y. Wang, Y. C. Cohen, M. E. Gatt, N. Snir, H. Magen, M. Koren-Michowitz, K. Herzog-Tzarfati, H. Keren-Shaul, C. Bornstein, R. Rotkopf, I. Yofe, E. David, V. Yellapantula, S. Kay, M. Salai, D. B. Yehuda, A. Nagler, L. Shvidel, A. Orr-Urtreger, K. B. Halpern, S. Itzkovitz, O. Landgren, J. San-Miguel, B. Paiva, J. J. Keats, E. Papaemmanuil, I. Avivi, G. I. Barbash, A. Tanay, I. Amit*, Single cell dissection of plasma cell heterogeneity in symptomatic and asymptomatic myeloma. Nature Medicine (2018).
- R. J. W. Arts†, S. J. C. F. M. Moorlag†, B. Novakovic, Y. Li, S.-Y. Wang, M. Oosting, V. Kumar, R. J. Xavier, C. Wijmenga, L. A. B. Joosten, C. B. E. M. Reusken, C. S. Benn, P. Aaby, M. P. Koopmans, H. G. Stunnenberg, R. van Crevel, M. G. Netea*, BCG Vaccination Protects against Experimental Viral Infection in Humans through the Induction of Cytokines Associated with Trained Immunity. Cell Host & Microbe (2018).
- 2017
- R. R. Edupuganti†, S. Geiger†, R. G. H. Lindeboom†, H. Shi†, P. J. Hsu, Z. Lu, S.-Y. Wang, M. P. A. Baltissen, P. W. T. C. Jansen, M. Rossa, M. Müller, H. G. Stunnenberg, C. He*, T. Carell*, M. Vermeulen*, N6-methyladenosine (m6A) recruits and repels proteins to regulate mRNA homeostasis. Nature Structural & Molecular Biology (2017).
- N. Q. Liu*, M. ter Huurne, L. N. Nguyen, T. Peng, S.-Y. Wang, J. B. Studd, O. Joshi, H. Ongen, J. B. Bramsen, J. Yan, C. L. Andersen, J. Taipale, E. T. Dermitzakis, R. S. Houlston, N. C. Hubner, H. G. Stunnenberg*, The non-coding variant rs1800734 enhances DCLK3 expression through long-range interaction and promotes colorectal cancer progression. Nature Communications (2017).
- K. H. M. Prange†, A. Mandoli†, T. Kuznetsova†, S.-Y. Wang, A. M. Sotoca, A. E. Marneth, B. A. van der Reijden, H. G. Stunnenberg, J. H. A. Martens*, MLL-AF9 and MLL-AF4 oncofusion proteins bind a distinct enhancer repertoire and target the RUNX1 program in 11q23 acute myeloid leukemia. Oncogene (2017).
- 2016
- B. Novakovic†, E. Habibi†, S.-Y. Wang†, R. J. W. Arts, R. Davar, W. Megchelenbrink, B. Kim, T. Kuznetsova, M. Kox, J. Zwaag, F. Matarese, S. J. van Heeringen, E. M. Janssen-Megens, N. Sharifi, C. Wang, F. Keramati, V. Schoonenberg, P. Flicek, L. Clarke, P. Pickkers, S. Heath, I. Gut, M. G. Netea, J. H. A. Martens, C. Logie, H. G. Stunnenberg*, β-Glucan Reverses the Epigenetic State of LPS-Induced Immunological Tolerance. Cell (2016).
- R. J. W. Arts*, B. Novakovic, R. ter Horst, A. Carvalho, S. Bekkering, E. Lachmandas, F. Rodrigues, R. Silvestre, S.-C. Cheng, S.-Y. Wang, E. Habibi, L. G. Gonçalves, I. Mesquita, C. Cunha, A. van Laarhoven, F. L. van de Veerdonk, D. L. Williams, J. W. M. van der Meer, C. Logie, L. A. O’Neill, C. A. Dinarello, N. P. Riksen, R. van Crevel, C. Clish, R. A. Notebaart, L. A. B. Joosten, H. G. Stunnenberg, R. J. Xavier, M. G. Netea, Glutaminolysis and Fumarate Accumulation Integrate Immunometabolic and Epigenetic Programs in Trained Immunity. Cell Metabolism (2016).
- W. J. Astle†, H. Elding†, T. Jiang†, D. Allen, D. Ruklisa, A. L. Mann, D. Mead, H. Bouman, F. Riveros-Mckay, M. A. Kostadima, J. J. Lambourne, S. Sivapalaratnam, K. Downes, K. Kundu, L. Bomba, K. Berentsen, J. R. Bradley, L. C. Daugherty, O. Delaneau, K. Freson, S. F. Garner, L. Grassi, J. Guerrero, M. Haimel, E. M. Janssen-Megens, A. Kaan, M. Kamat, B. Kim, A. Mandoli, J. Marchini, J. H. A. Martens, S. Meacham, K. Megy, J. O’Connell, R. Petersen, N. Sharifi, S. M. Sheard, J. R. Staley, S. Tuna, M. van der Ent, K. Walter, S.-Y. Wang, E. Wheeler, S. P. Wilder, V. Iotchkova, C. Moore, J. Sambrook, H. G. Stunnenberg, E. Di Angelantonio, S. Kaptoge, T. W. Kuijpers, E. Carrillo-de-Santa-Pau, D. Juan, D. Rico, A. Valencia, L. Chen, B. Ge, L. Vasquez, T. Kwan, D. Garrido-Martín, S. Watt, Y. Yang, R. Guigo, S. Beck, D. S. Paul, T. Pastinen, D. Bujold, G. Bourque, M. Frontini, J. Danesh*, D. J. Roberts*, W. H. Ouwehand*, A. S. Butterworth*, N. Soranzo*, The Allelic Landscape of Human Blood Cell Trait Variation and Links to Common Complex Disease. Cell (2016).
- L. Chen†, B. Ge†, F. P. Casale†, L. Vasquez†, T. Kwan, D. Garrido-Martín, S. Watt, Y. Yan, K. Kundu, S. Ecker, A. Datta, D. Richardson, F. Burden, D. Mead, A. L. Mann, J. M. Fernandez, S. Rowlston, S. P. Wilder, S. Farrow, X. Shao, J. J. Lambourne, A. Redensek, C. A. Albers, V. Amstislavskiy, S. Ashford, K. Berentsen, L. Bomba, G. Bourque, D. Bujold, S. Busche, M. Caron, S.-H. Chen, W. Cheung, O. Delaneau, E. T. Dermitzakis, H. Elding, I. Colgiu, F. O. Bagger, P. Flicek, E. Habibi, V. Iotchkova, E. Janssen-Megens, B. Kim, H. Lehrach, E. Lowy, A. Mandoli, F. Matarese, M. T. Maurano, J. A. Morris, V. Pancaldi, F. Pourfarzad, K. Rehnstrom, A. Rendon, T. Risch, N. Sharifi, M.-M. Simon, M. Sultan, A. Valencia, K. Walter, S.-Y. Wang, M. Frontini, S. E. Antonarakis, L. Clarke, M.-L. Yaspo, S. Beck, R. Guigo, D. Rico, J. H. A. Martens, W. H. Ouwehand, T. W. Kuijpers, D. S. Paul, H. G. Stunnenberg, O. Stegle, K. Downes, T. Pastinen*, N. Soranzo*, Genetic Drivers of Epigenetic and Transcriptional Variation in Human Immune Cells. Cell (2016).
- 2015
- O. Joshi†, S.-Y. Wang†, T. Kuznetsova, Y. Atlasi, T. Peng, P. J. Fabre, E. Habibi, J. Shaik, S. Saeed, L. Handoko, T. Richmond, M. Spivakov, D. Burgess, H. G. Stunnenberg*, Dynamic Reorganization of Extremely Long-Range Promoter-Promoter Interactions between Two States of Pluripotency. Cell Stem Cell (2015).
- T. Kuznetsova†, S.-Y. Wang†, N. A. Rao†, A. Mandoli, J. H. A. Martens, N. Rother, A. Aartse, L. Groh, E. M. Janssen-Megens, G. Li, Y. Ruan, C. Logie, H. G. Stunnenberg*, Glucocorticoid receptor and nuclear factor kappa-b affect three-dimensional chromatin organization. Genome Biology (2015).
- H. Marks*, H. H. D. Kerstens, T. S. Barakat, E. Splinter, R. A. M. Dirks, G. van Mierlo, O. Joshi, S.-Y. Wang, T. Babak, C. A. Albers, T. Kalkan, A. Smith, A. Jouneau, W. de Laat, J. Gribnau, H. G. Stunnenberg*, Dynamics of gene silencing during X inactivation using allele-specific RNA-seq. Genome Biology (2015).
- 2012
Shuang-Yin Wang 